Existen varias versiones; una de ella y la más acertada, es que la ciudad de Puquio, de origen netamente indígena, está asentada sobre una zona donde abundan manantiales y/o puquiales, que poco a poco han ido desapareciendo con las construcciones de casas. Aún a la fecha existen un sinnúmero de puquiales; hay uno en la primera cuadra de la avenida Mariano Salas, en el patio de la casa del destacado profesor Edilberto Medina, quien al construir su casa tuvo un especial cuidado en no desaparecer el puquial; hay otro en la parte superior del puente de Oqotuko, en Llaypu Kuchu, en la última cuadra del jirón Lima.

Otra de las versiones expuestas por el profesor Alfredo N. Da Silva Elías en su libro Rumimanta Runa, precisa que el Inka Tupak Yupanqui, llega al villorrio de Puquio-Puquio entre 1471 a 1493.