Al hilo de una polémica con Lévinas y su ética de la alteridad, Flores propone una ontología de la alteridad.

La ética ontológica no es una reducción del deber ser al ser, de lo ético a lo ontológico, sino que es la afirmación que lo ético no es una instancia por encima ni por debajo de lo ontológico, sino que es una manifestación superior de lo ontológico mismo en el hombre. Es decir, la manifestación ontológica del ser en lo humano es la ética. Por ello, en el hombre la metafísica del ser y la metafísica de lo ético coinciden. La ontología de la alteridad es una defensa de unidad entre ética y ontología, y por lo mismo no puede desligarse de cuestiones de religión, estética, política y economía.