Como es ya una tradición desde 1989 (SEPIA III), el Seminario XVI estuvo organizado alrededor de tres temas: (1) dinámicas informales e ilegales en los espacios rurales; (2) organizaciones y asociatividad: gobernanza y gestión colectiva del espacio rural, y (3) salud, nutrición, ambiente y desarrollo rural.

En total se presentaron treinta y seis ponencias a lo largo de tres días intensos de trabajo con presentaciones ofrecidas entre plenarias y mesas paralelas: tres ponencias de balance (una por cada tema central) y diecisiete sobre los temas centrales; cinco mesas y once ponencias sobre sistematización de experiencias de desarrollo rural; una mesa de discusión sobre políticas públicas alrededor de la Estrategia Nacional de Agricultura Familiar y una mesa regional en la que se presentaron cuatro trabajos de investigación. Siguiendo la metodología de SEPIA, cada ponencia fue comentada por dos especialistas de disciplinas distintas, manteniendo así nuestra vocación interdisciplinaria. Es importante destacar que, con excepción de la mesa regional y de la de políticas públicas, las ponencias son presentadas luego de un proceso de selección y revisión que involucra al Consejo Directivo que para dicho propósito se constituye en el Comité Académico del Seminario.